Beynimizdeki sinir hücreleri çeşitli aktiviteleri gerçekleştirmek için sürekli ilişki halindedir. Bu aktiviteler; elimizi kullanarak bir nesneyi tutmaktan, konuşulanı anlamaya kadar bir dizi kompleks bilişsel fonksiyonlara uzanan çok geniş bir yelpazedir. Beynimizde ayrıca, görme, işitme, dokunma, dil kullanımı, hafıza ve daha pek çok kritik aktiviteler için özelleşmiş bölgeler bulunur. Fonksiyonel manyetik rezonans görüntüleme beyin aktivitesini ölçen ve haritalanmasını sağlayan non-invaziv, ağrısız, güvenli bir ileri tanı yöntemidir.

Fonksiyonel MRI incelemesine tümör ve benzeri bir tanı aldıktan sonra yapılması planlanan cerrahi ya da radyasyon gibi tedavilerin sınırını belirlemede ve olası kayıpları değerlendirmede gerek duyulur. Bu sayede önemli bölgelerin korunması sağlanabilir.

Bu görüntüleme yöntemini yorumlayabilmek için öncesinde çekilen statik MRI gereklidir. Fonksiyonel MRI çekiminde ise verilen bazı basit komutlara yanıt olarak beynin bu komut ile ilişkili bölgesinde artan kan akımı ölçülür ve haritalanması sağlanır.